Es atribución de La Asamblea Legislativa elegir al organismo colegiado del Tribunal Supremo Electoral (TSE), un órgano integrado por cinco magistraturas titulares y cinco suplentes. Esta instancia se elige cada cinco años, iniciando funciones el 1 de agosto del periodo acompasado con la vigencia del quinquenio presidencial. El partido ganador de una elección presidencial propone la terna de la cual, por mayoría simple, la legislatura elegirá a quién ocupará la presidencia del TSE. De igual forma, las siguientes dos magistraturas serán electas bajo las mismas reglas, a propuesta de los partidos políticos que alcanzaron el segundo y tercer lugar en dicha contienda presidencial. Mientras, las siguientes dos ternas que completan el pentagrama del TSE, son propuestas del pleno de la Corte Suprema de Justicia y electos por la misma legislatura; en este caso, mediante el voto calificado de dos tercios de los legisladores.
Fue la Constitución de 1950 la que regularizó el primer órgano electoral en El Salvador; materializándose con la aprobación de la “Ley Transitoria Electoral” del 12 de enero de ese mismo año. Dicha norma reguló el funcionamiento de un Consejo Central de Elecciones (CCE) integrado por tres titulares y sus respectivos suplentes: el primer designado lo ponía el gobierno de turno; el segundo la Corte Suprema de Justicia; mientras el tercero era escogido mediante el acuerdo de ambos consejeros ya investidos. Esta misma institución del CCE fue revalidada de manera escueta en la nueva constitución de 1983, salvo por que los integrantes eran propuestos por los tres partidos más votados en la elección presidencial.
Este Consejo, al cabo del tiempo terminó siendo repudiado por ser parte de los escandalosos fraudes electorales ocurridos durante ese largo periodo en que se alternaron con sucesivos golpes de estado, como parte del esquema dictatorial de seis décadas de oscuridad institucional. Fue con el proceso de los Acuerdos de Paz que pusieron fin a la cruenta guerra civil, específicamente con la reunión del 4 de abril de 1990 efectuada en Ginebra, Suiza, cuando se alcanza el acuerdo de normas a seguir en el proceso de negociación hasta
alcanzar una solución negociada satisfactoria para las partes. Ese encuentro estableció cuatro objetivos: terminar el conflicto armado por la vía política; impulsar la democratización del país; garantizar el irrestricto respeto a los Derechos Humanos; reunificar a la sociedad salvadoreña.
Este acuerdo-marco posteriormente dio pie para establecer la meta de alcanzar la plena vigencia de los derechos civiles y políticos de la ciudadanía; procediendo al acuerdo de reformas institucionales entre ellas la creación del Tribunal Supremo Electoral. La creación del TSE se materializó con el decreto legislativo 64, aprobado el 31 de octubre de 1991, publicado en el Diario Oficial N° 217, tomo 313; asignándole la dualidad de funciones administrativas y jurisdiccionales sobre todo el proceso electoral. Dicho acuerdo también les otorgó a los partidos políticos el derecho de vigilancia sobre la elaboración, organización, publicación y actualización del Registro Electoral; mientras la creación de este registro la dejó asignada al mismo TSE. Estos acuerdos quedaron recogidos en la reforma de los artículos 208 y 209 de la Constitución vigente.
Desde el Acuerdo de Paz, el diseño de este órgano electoral garantizó los equilibrios institucionales necesarios en el sentido de que los aspectos administrativos menores pueden ser aprobados por mayoría simple del TSE (3 votos); pero los asuntos jurisdiccionales atinentes al proceso electoral y las contrataciones ameritan un acuerdo calificado de 4 votos; de esta manera la reforma emanada de los Acuerdos de Paz aseguraron el equilibrio y racionalidad de las decisiones, tomando en cuenta tanto el origen partidario como institucional (a partir de la CSJ) de los integrantes del cuerpo colegiado.
Con la elección del nuevo TSE en esta legislatura de mayoría cian, este TSE será el octavo organismo electoral que asume funciones desde que se acordó la reforma constitucional derivada de los Acuerdos de Paz; y es evidente que se romperá el fundamento del diseño equilibrado de aquella gran reforma, debido a que con el asalto del 1° de mayo de 2021, el bukelismo se tomó de manera inconstitucional la Corte Suprema de Justicia, por lo tanto las personas propuestas por esta Corte, es presumible que serán funcionarios que responderán a ellos; dándole una triple representación al partido de gobierno, y por lo tanto Nuevas Ideas pasara a tener un mayor control sobre ese órgano colegiado.